ロゴ画像の背景色を「透過」に設定することはできますか？

いいえ、できません。
背景を「透過」として作成したロゴ画像をヘッダー・フッターに設定すると、ムービーライブラリ上では背景が白色となってしまいます。
ムービーライブラリのヘッダー（またはフッター）色とロゴ画像の背景色を揃えたい場合は、ヘッダー（またはフッター）色と同じ色でロゴ画像の背景を作成していただく必要があります。